贯彻执行国家医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量、医疗服务、医疗安全、医疗监督、采供血机构管理以及行风建设等行业管理政策规范、标准。拟定阿图什市实施办法并组织实施。承担推进心理健康和精神卫生、护理、康复事业发展工作。拟订公立医院运行监管、绩效评价和考核制度等。承担阿图什市重要会议和重大活动的医疗卫生保障工作。负责卫生健康专业技术人员资格认定管理工作。拟定卫生健康科技发展规划及相关政策并组织实施。组织开展住院医师、专科医师培训等毕业后医学教育和继续教育工作。贯彻落实国家药物政策和国家基本药物制度，执行国家药品法典和国家基本药物目录，执行自治区基本药物增补目录。开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品预警与应对处置，提出阿图什市基本药物价格政策的建议。承担深化医药卫生体制改革有关工作，研究提出深化医药卫生体制改革政策措施的建议，组织推进公立医院综合改革工作。承担组织实施卫生健康工作领域的国际交流与合作、援外、对口援疆工作。

负责全市中医医疗、预防、保健、康复及临床用药等监督管理，指导、协调全市中医、中西医结合和少数民族医疗机构的布局、运行机制改革，监督执行各类中医医疗、保健等机构管理规范和技术标准。负责监督和协调全市医疗机构的中西医结合工作。负责组织少数民族医药的发掘、整理、总结和提高工作。组织开展中医药师承教育、继续教育和相关人才培训培养工作。组织开展全市中医资源普查、中医古籍的整理研究和中医药文化的继承发展，推动中医药防病治病知识普及。负责阿图什市中医药信息化建设和中医药统计工作。