贯彻执行国家医疗机构、医疗技术应用、医疗质量和安全、医疗服务以及行风建设等行业管理政策规范、标准。承担推进护理、康复事业发展工作；负责医学会、执业资格考试、医院管理工作；负责阿图什市保健对象的医疗保健工作，以及阿图什市重要会议和重大活动的医疗卫生保障工作；拟订卫生健康科技发展规划及相关政策并组织实施；承担实验室生物安全监督工作；组织开展住院医师、专科医师培训等毕业后医学教育和继续教育工作；贯彻落实国家药物政策和国家基本药物制度，执行国家药品法典和国家基本药物目录，落实基本药物增补目录，开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品预警；负责对口援疆工作；拟订有关中医药地方性规章，组织实施并监督检查；负责拟订有关促进中医药产业化发展的相关政策。