西汉神爵二年（前60），西汉设西域都护府作为管理西域的军政机构，市境归其管辖。唐贞观二十二年（648）与显庆三年（658），唐朝曾两度在此设置疏勒都督府，成为著名的“安西四镇”之一，市境归其管辖。明正德九年（1514），阿图什属叶尔羌汗国。清康熙十七年（1678）准噶尔部开始统治阿图什。清乾隆二十四年（1759），清朝平定大小和卓之乱，阿图什先后受喀什尔和叶尔羌参赞大臣管辖。光绪九年（1883），委任南疆各道府厅州县官吏阿图什属疏勒直隶州管辖。光绪二十九年（1903）七月，阿图什属伽师县管辖。

1949年9月新疆和平解放，阿图什县归喀什专署管辖，1952年伽师县吐古买提、哈拉峻、格达良3乡划归阿图什县，县机关迁至阿图什。1954年7月14日划归克孜勒苏柯尔克孜自治州管辖，是自治州的政治、经济、文化中心。