民国27年（1938年）9月，阿图什设治局成立。将原属伽师县的大阿图什庄和原疏附县的小阿图什庄划归其管辖；民国32年（1943年）1月，阿图什设治局升格为丙级县，隶属喀什行政长公署；1950年3月成立阿图什县人民政府，隶属喀什专员公署；1954年7月14日，克孜勒苏柯尔克孜自治州成立，阿图什县划归其管辖，并被定为自治州首府；1986年6月，国务院批准撤销阿图什县，成立阿图什市。