贯彻执行国家和自治区环境保护法律法规、行政规章；组织开展环境保护政策研究，拟订并组织实施阿图什市环境保护政策；负责相关部门法规、条例、行政规章草案征求意见的办理，提出环境保护方面的建议；负责建设项目（核与辐射建设项目除外）环境影响评价综合管理工作；负责竣工环境保护验收；协助管理环境影响评价机构资质；参与“三同时”监督检查工作；组织指导环境监察工作；负责环境影响后评价工作；拟订和组织实施水体污染防治政策、规划、法律法规、规章、标准及规范。承担的对机动车排污和油气排放监督职责和机动车大气污染排放状况的监督。 负责环境保护规划、组织编制环境保护规划、综合性环境功能区划并监督执行；参与制定国民经济与社会发展规划和主体功能区规划；负责大气、水、土壤、噪声、机动车、化石能源、固体废物、化学品、重金属等污染防治的监督管理；组织拟订应对气候变化及温室气体减排的规划和政策措施并协调实施，组织实施清洁发展机制工作。承担阿图什市应对气候变化及节能减排工作领导小组有关具体工作；承担核与辐射安全地方性法规、政府规章草案的起草，承担辐射事故应急处理工作。承担涉核与辐射项目的环境影响评价工作。负责放射性废物处理处置、核技术利用、电磁辐射等设施装量和放射性物质运输、伴生放射性矿的核与辐射安全、辐射环境保护、放射性污染治理的监督管理；负责生态保护综合管理工作；组织开展阿图什市生态状况评估，拟订生态保护区划、规划和生态环境功能区划，划定阿图什市生态保护红线。